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双(叔丁基二甲基硅基)-反式-钙泊三醇分子中含有两个叔丁基二甲基硅基（TBDMS）基团，这两个硅基通过硅氧键与分子的其他部分相连。硅基保护基团的存在增加了分子的空间位阻，对分子中受保护的羟基等官能团起到了良好的保护作用，使其在复杂的化学反应环境中能够保持相对稳定，避免不必要的副反应发生。
双(叔丁基二甲基硅基)-反式-钙泊三醇具有反式结构，这种构型使得分子在空间上具有特定的取向和形状，与顺式异构体相比，反式构型通常具有更好的热力学稳定性，并且在与生物靶点或其他化学物质相互作用时，能够呈现出独特的立体化学效应，影响其生物活性和化学反应性。
基于维生素 D3 的基本骨架结构，保留了维生素 D3 的甾体母核和侧链的基本框架，这使得双 (叔丁基二甲基硅基)- 反式 - 钙泊三醇具有与维生素 D3 类化合物相似的一些化学性质和生物活性潜力，是其能够作为钙泊三醇合成中间体以及具有潜在生物活性的结构基础。